Sus antiguos pobladores eran los integrantes de la etnia huarpe llamada por los mapuche: "pehuenche" (gente del pehuén).
Hacia fines del siglo XVII los mapuche invadieron este sector de la Patagonia Oriental y las poblaciones fueron mapuchizadas, aculturadas por la etnia mapuche.
De este modo la población mapuchizada se mantuvo en el territorio hasta finales del siglo XIX época en que, tras la llamada "Conquista del Desierto" pudieron arribar criollos e inmigrantes europeos.
Pese a las presiones, las poblaciones originarias lograron mantener territorios reservados, dadas sus costumbres preindustriales y altamente adaptadas al ambiente. Se han mantenido también territorios altamente preservados ecológicamente. Un ejemplo de ello ha sido y es el respeto por los bosques (que se evita en todo lo posible deforestar; del pehuén se obtienen muy buenos recursos alimentarios).
Otro ejemplo patente es la edificación originaria: las "rucas", es decir viviendas típicas, están realizadas con algunas vigas de troncos, muchas veces obtenidas de árboles naturalmente fenecidos, lo cual disminuye el riesgo de incendios forestales. Como componente importante de las paredes se usa el muy aislante adobe. El techo a dos aguas es muy útil para soportar mejor el peso de las nieves y facilitar, cuando éstas se derriten, el rápido escurrimiento de las aguas. Es así que, por convergencia, las rucas tienen mucho en común con los chalés alpinos y las eches o etches o etxes pirenaicas. La orientación principal de los vanos - puertas y ventanas - de las rucas es hacia los lugares que más luz solar reciben y con menor exposición a los vientos fríos y húmedos.
Por lo general, estas viviendas reciben su agua directamente de los deshielos montanos mediante sencillos acueductos y se hallan rodeadas de una pequeña granja, o al menos de una pequeña huerta; huerta en la cual se cultivan papas, manzanos, zapallos, las plantas del merkén etc. Como en casi todo el ámbito rural argentino, a pocos metros de la vivienda se encuentra el horno de barro, en el cual se cuece el pan casero y el ñaco).
Con todo, hasta el crítico año de 1989 la actual Villa Pehuenia aún no existía, en su lugar se encontraba un caserío pequeño y desperdigado, llamado ocasionalmente "Aluminé", poblado por integrantes de la comunidad puel (en mapudungun : "-signo cardinal- este"), gente ya criolla agauchada muy mixogenizada con los "blancos" que mantenía algunas costumbres de sus antepasados indígenas.
El año 1989 -como toda la década de los 1990s- fue por la política económica imperante particularmente crítico para las poblaciones en Argentina. Sin embargo, los vecinos supieron organizarse como para superar la adversidad. Una de sus primeras excelentes ideas fue la de utilizar el volcán Batea Mahuida como centro de esquí, ya que, en efecto, tal montaña reúne excelentes condiciones para los deportes invernales - o, mejor dicho, nivales - ya que las nieves se encuentran allí abundantemente durante casi toda la mitad de cada año.
De este modo, la organización de los criollos de la comunidad puel iniciada en torno a la utilización sabia del recurso turístico natural fue la base para el origen de la población - con miras a ser prontamente pequeña ciudad de montaña - llamada Villa Pehuenia. A los habitantes de la comunidad puel se han ido sumando nuevos pobladores (muchos de ellos europeos) que para gozar de la excelente situación aceptan de buen gusto las costumbres básicas de la comunidad argentina puel.
