Existen varias leyendas Quechua sobre la creación del Puente del Inca, todas con una idea en común, pero con tres finales distintos.
Antes de la llegada de los españoles, el heredero al trono del Imperio Inca estaba afectado de extraña y grave parálisis. Luego de intentar varios tipos de sanación sin resultado, los grandes sabios recomendaron al monarca que su hijo sólo podía ser sanado en una vertiente ubicada en una lejana comarca al sur.
Entonces, los Incas prepararon una caravana con los mejores guerreros que partieron desde Cuzco al sur. Luego de duros meses, llegaron a las altas cumbres, donde vieron que en una profunda quebrada por donde pasaba un río donde brotaban las aguas termales que podrían curar al enfermo.
Los finales para esta necesidad, son:
A - Para hacer realidad esto, los guerreros incas se abrazaron unos a otros y realizaron un puente humano, entonces el jefe Inca caminando por encima de las espaldas de sus hombres, llevó a su hijo en brazos hasta las termas, en donde encontró la cura que estaba buscando.
Cuando volvió atrás para agradecerle a sus guerreros, éstos se habían petrificado, creando el famoso Puente del Inca.
B - Cuenta la leyenda, que en el momento en que pensaban sobre la forma de cruzar, el cielo se oscureció, tembló el piso granítico y se vio caer desde la cima, enormes moles de piedra con un ruido aterrador. Pasado este ruido, los incas vieron con asombro al dios Inti (el Sol) y de Mama Quilla (la Luna) habían creado un puente que les permitiría llegar sin dificultad hasta la fuente maravillosa.
Llevaron al heredero hasta el otro lado, quien bebió de las aguas y pronto recuperó la salud.
C - Sabiendo que el monarca no sobreviviría para volver atras en el camino y cruzar la quebrada, la caravana paró del otro lado de las aguas durante la noche. El dios Inti (el Sol) descendió de las montañas y decidió ayudarlos a terminar su viaje. Al despertar los Incas se maravillaron al encontrar un sólido puente de piedra que llevaba hasta el otro lado del río, donde se hallaba la cura para el enfermo.