Puente del Inca tiene un clima duro y continental, con temperaturas que tienen una importante variación durante el año, con pocas precipitaciones.
En los meses de verano, el clima es templado y seco, es la época menos lluviosa del año y las temperaturas medias están por encima de los 15 °C.
En los meses de iniverno, tiene un clima muy frío y húmedo, con temperaturas por debajo de los 0 °C.