A principios del siglo XVI la estancia de Yacanto le fue otorgada a Don Miguel Maldonado (por el gobernador de San Luís).
Luego tomó posesión de ella Don José de Quevedo (alférez real) por el fallecimiento de su anterior dueño.
En el siglo XVII, aquellas tierras quedan nuevamente sin dueño, lo que dio lugar a su división en dos partes, una de ellas en el casco de la vieja propiedad cuyo nombre conservó y al norte se formo la estancia de San Xavier (San Javier).
El Capitán Cristóbal Barbosa adquirió años más tarde y en remate público en 1717, la hacienda y estancia de Yacanto, la cual estaba separada de la estancia de San Xavier por una cruz emplazada en el cauce de un arroyo seco llamado el Mollecito. Al norte de Cristóbal Barbosa, se estableció su primo don Juan Luís Arias y Cabrera.
Al parecer en 1755 ya estaba en pié en la propiedad de los Arias, la “Capilla del Glorioso San Francisco Xavier de Yacanto “, en torno a la cual se originó el pueblo de San Javier.
Juan Esteban Arias, heredó de su padre- Juan Luís Arias y Cabrera- la estancia de San Javier, en la que introdujo importantes mejoras, entre 1770 y 1790 construyó un famoso oratorio, anexo al imponente edificio, al que dio el nombre de “ La Obra”, que en la actualidad apenas se mantiene en pié.
Hubo litigio entre San Luís y Córdoba. En el año 1880 el gobernador de Córdoba invita al de San Luís para tratar las cuestiones del límite.
Con el representante Jerónimo Cortés, el gobernador de San Luís aceptó esta propuesta. Un grupo de ciudadanos propusieron al presidente de la república, General Julio Argentino Roca como arbitro, para que el diera a conocer a quién correspondía el oeste de Córdoba, el fallo fue a favor de ésta ultima.
En cuanto a la parte agrícola, la cosecha y manufactura del tabaco, llego a ser una de las actividades más importantes, así como la explotación de las canteras de mica y en grado menor la cosecha de algodón, de granos y de frutas y verduras de las huertas y quintas.
En la parte ganadera, notable cría de ganado vacuno, ovino y equino.
En la parte agrícola, el sembrado de maíz, trigo y maní.
En el año 1957 se realizó la electrificación de ambas localidades gracias a la colaboración de 28 socios fundadores y 12 presidentes del consejo de administración y de todos aquellos que integraron dicho consejo.
En sus comienzos San Javier y Yacanto tenía una Comisión de Fomento (cumplía el rol de Poder Ejecutivo), hasta que se construye el edificio propio, donde desde 1987 funciona la Municipalidad en la cual se desempeño como primer intendente el Señor José Alejandro Bustos (padre del actual intendente).
San Javier y Yacanto tuvieron una gran afluencia turística a partir de la llegada del ferrocarril a la ciudad de Villa Dolores ( fines del siglo pasado) ya que las autoridades inglesas (dueños del ferrocarril Pacífico) adquirieron el antiguo molino harinero ubicado en Yacanto como lugar de descanso y este fue remodelado y ampliado y luego habilitado como hotel (hoy conocido como Hotel Yacanto).
Fuente: sanjavieryacanto.org
