Hasta el siglo XV el lugar estaba poblado por la etnia de los comechingones que allí tenía algunos de sus lugares sagrados, en ese siglo irrumpieron desde el noreste los indígenas rivales (procedentes de territorios que hoy correponden a Santiago del Estero - desde la zona santiagueña de Salavina-) conocidos como sanavirones que entraron en sangriento conflicto con los comechingones, formándose algunas parcialidades de mixogénesis forzada.
Un siglo después (es decir en el siglo XVI) llegaron los españoles quienes comenzaron a establecer encomiendas y estancias, es a partir de una "merced" real dada al colonizador Jaimes (nacido en la localidad andaluza de Ayamonte), éste funda la estancia que originaría el actual núcleo poblacional, Jaimes crea en su estancia un oratorio cuya denominación fue la de San Antonio de Padua, tal oratorio se transformó en capilla, pequeño edificio que al estar sobre una colina se hizo conocido como La Capilla del Monte. desde esa época y hasta fines del s XIX la localidad no pasó de ser una aldea casi aislada constituida por ranchos, a finales del s XIX y en gran medida debido a la actividad de Adolfo Döring el sitio comenzó a ser atractivo para la gente adinerada de la ciudad de Córdoba que edificó varios grandes e interesantes caserones.
En el último cuarto de siglo XX, merced al muy agradable clima y a los paisajes gran cantidad de porteños y santafesinos amantes de la vida natural se radicaron en Capilla del Monte que de este modo vio duplicada su población.