Los aspectos generales del clima de la Península Valdés son los mismos que caracterizan el clima de la región norte de la Patagonia, modificados localmente por las interacciones entre la atmósfera y los cuerpos de agua adyacentes. Las variables meteorológicas medidas por el CENPAT se basan en datos de la estación climática en la ciudad de Puerto Madryn, ciudad respecto a la cual el clima de Puerto Pirámides tiene variaciones en lo que concierne a precipitaciones y reparo de vientos.
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