Cuando Juan Manuel de Rosas, el entonces gobernador de Buenos Aires, creó el partido de Las Flores las tierras pertenecían casi en su totalidad a él mismo y sus parientes. La primera sede administrativa del partido no se encontraba en el pueblo de Las Flores —que aún no había sido fundado— sino en la Estancia San Agustín, en el paraje Gorchs. La laguna La Blanca, hoy situada unos 2,5 km al sur del centro, en aquellos días cubría parte de lo que hoy es el centro del pueblo, y las mismas tierras pertenecían casi en su totalidad a Juan Manuel de Rosas
Con la caída de Rosas en la batalla de Caseros, sus campos son expropiados, y el 25 de marzo de 1856 Manuel Venancio Paz resuelve fundar —sin ningún tipo de ceremonia— el pueblo de Las Flores, secundado por el agrimensor Adolfo Sourdeaux, quien realizó la delimitación del ejido. Aunque en el lugar ya existían algunas casas anteriores al poblado, el progreso edilicio fue lento, lo cual no impidió que antes de 1860 ya existieran en el lugar un templo católico, una comisaría y una escuela. Como en tantos otros poblados, la llegada del ferrocarril en 1872 significó un renovado impulso a la localidad. Pronto llegarían una sucursal del Banco de la Provincia de Buenos Aires, la remodelación de la plaza principal, un periódico y la luz eléctrica.
Durante el siglo XX la instalación de dos importantes empresas textiles dieron un perfil industrial a la ciudad; hasta que en los años 1990 se cerró la última fuente importante de trabajo. Al igual que en Pergamino y otras ciudades de la provincia de Buenos Aires, el cierre de las fuentes de trabajo causó la apertura de numerosos pequeños talleres que sostuvieron la actividad con el tiempo, llegando a crear la Cámara Industrial Indumentaria de la Provincia de Buenos Aires. En 1996 se crea la Extensión Universitaria de Las Flores, que acercó los estudios terciarios por primera vez a los florenses a partir de la reinauguración de la empresa GATIC con convenios con varias instituciones académicas privadas y estatales. En 2005 la empresa Indular compró los activos rematados de la quebrada empresa GATIC, y reinauuguró la fábrica de Las Flores que pasó a especializarse en la confección de prendas.
