La Compañía de Jesús llegó a la provincia de Córdoba en el año 1559 y permaneció hasta el año 1767, cuando fue expulsada por Carlos III de España. En ese periodo, Córdoba fue capital de la provincia jesuítica del Paraguay, que incluía los territorios de la Argentina, Uruguay, Paraguay, Chile, Brasil y Bolivia.
Los jesuitas fundaron el Colegio Máximo en el año 1610, la Universidad en el año 1622, el Colegio Convictorio de Nuestra Señora de Monserrat en el año 1687 y el Noviciado en el año 1705.
Estos se organizaron en un sistema de estancias: Colonia Caroya, Jesús María, Santa Catalina, La Candelaria y San Ignacio.
En el año 2000 este conjunto –a excepción de San Ignacio y junto con la Manzana Jesuítica en la ciudad de Córdoba– fue reconocido como Patrimonio de la Humanidad por la Unesco.
A 50 kms de la ciudad de Córdoba, se llega a Estancia Caroya, donde encontramos el Museo Provincial Casa Histórica de Caroya.
La primera de todas las estancias jesuíticas fue la Estancia Caroya, que su construción comenzó en el año 1616.
Luego, en el año 1661 se fundó el Colegio Monserrat. La estancia fué el sostén económico gracias a su producción agrícola ganadera, y funcionó como residencia de vacaciones para sus estudiantes.
En el año 1767, Caroya pasó a manos de los franciscanos, con los jesuitas ya expulsados, y entre los años 1814 y 1816 se estableció la primera fábrica de armas blancas del país, por sugerencia de San Martín y Belgrano.
En el año 1854 pasó a manos del Estado Nacional y funcionó como correo postal, sobre todo en la época de la Guerra de las Confederaciones.
En el año 1878 el gobierno la cedió como residencia inicial a los primeros inmigrantes friulanos en el país.
Los jesuitas tuvieron un trato muy especial con los indígenas, hasta presentaron propuestas para un trato diferente, situación que les trajo problemas con la autoridad española. En cambio a los negros ni los evangelizaban, los consideraban patrimonio y no personas.