En el año 1765 se instaló en la Isla una prisión naval militar donde eran condenados los desertores del Batallón Buenos Aires.
Con los años, al aumentar la cantidad de prisioneros, se utilizaba a estos para realizar trabajos de construcción y extraer piedras para ser usadas en el empedrado de las calles de la ciudad de Buenos Aires.
Funcionó como penal hasta año 1957.